公众号不需要独立安装，是依附其他APP存在的。小程序是独立存在的，使用者需要单独下载。
定位不同
1、服务号可以关注，方便留存用户二次营销，小程序只能通过扫码进入，没有二次入口；
2、服务号可以群发消息给粉丝，小程序不可以；
3、服务号可以使用微信官方文章系统，小程序不可以；
4、服务号可以使用参数二维码，便于触发不同的业务，小程序不可以；
5、服务号可以使用微信卡券（微信会员卡），小程序不可以。
实现技术区别
1、小程序可以在微信APP外层打开，避免影响微信聊天 （服务号网页目前支持手动悬浮窗打开）；
2、小程序开发后需要上传代码，审核通过后才能展示，服务号网页无需审核可以立即展示；
3、服务号开发的网页（复制任何连接）可以在任意浏览器打开（小程序也支持打开网页），但网页无法调起小程序；
功能不同
在小程序的使用规则里面，有一条非常霸道的，曾经使用列为第一优先级。 举个例子，客户A曾经在一家火锅店吃了饭，支付的时候，扫码扫的是这家店的小程序码付款的，那么下次，他在微信里面搜索火锅，出来的第一个结果，就是这家店的小程序。这个价值有多大，大家可以想象一下。
所以，抢在其他人还没有意识到的时候，先抢用户，这是聪明的玩家做的事情。
小程序主要旨在提供服务，相比公众号运行更流畅，能够提供更加复杂的产品与服务。公众号功能主要围绕信息传递与营销展开，小程序对营销功能进行了严格控制以与公众号区别，使得小程序的服务在使用体验与便捷性能够得到提升，不至于淹没在公众号过度营销信息中。
体验上的差别
公众号开发点击应用功能后顶部出现绿色进度需要等一段时间，对于业务逻辑复杂交互要求高的应用使用起来体验较差。而小程序将会非常流畅几乎无需等待，类似普通APP 操作一样流畅。
主要原因是公众号开发没有本地缓存，所以每次打开都是会请求服务器刷新页面，造成延时较长体验下降，小程序对UI 与图片本地缓存，只需要对服务器请求交互数据，页面切换无需刷新，所以体验能够接近原生APP 的流畅程度。